Antik Çağlarda Seydişehir’de Amblada, Vasada, Arvana, Elita, Dalisandus gibi şehirlerin varlığı belirlenmektedir. 1970 yılında yapılan kazılarda Bostandere Kasabası yakınlarında Roma Devri Anfi Tiyatrosu kalıntıları ortaya çıkarılmıştır.

Seydişehir’in Horasanlı Seyit Harun Veli tarafından 1310 yıllarında kurulduğu tahmin edilmektedir. Eşrefoğulları Beyliği, Anadolu Selçuklu Devletinin bir parçası olarak, Seydişehir bölgesini de kapsayacak şekilde 1327 Moğol istilasına kadar hayatiyetini sürdürmüştür. Daha sonra Seydişehir, yine bu bölgede hüküm süren Hamidoğulları Beyliğine bağlı küçük bir kasabadır.

14. y.y.’ın sonlarına doğru bölgede hayatiyetini sürdüren Karamanoğlu Beyliği ile Osmanlılar komşu olmuşlardır. Osmanlı Padişahı Murad Hüdavendigar’ın kızı Melek Hatun ile Karamanoğlu Alâeddin Ali Bey evlenmiş ise de, iki hükümranlık arasındaki gerginlik devam etmiş ve Osmanlılar 80.000 altın ödeyerek Seydişehir, Akşehir ve Beyşehir yöresini satın almışlardır.

Fatih Sultan Mehmet devrinde ise kesin olarak aralarındaki ihtilafa son verilmiş ve Seydişehir Osmanlı topraklarına katılmıştır.

Seydişehir 1871 yılında belediye ve 1915 yılında ise İlçe olmuştur.